Hlavní výhodami programu jsou efektivita, pružnost a variabilita, načasování a propojení s unijními programy. Program SIGMA je navržený jako široce zaměřený nástroj na podporu aplikovaného výzkumu a inovací. Tato koncepce umožní naplňovat cíle národních strategií a zároveň pružně reagovat na aktuální problémy v oblasti výzkumu a inovací. Tím získává značnou výhodu oproti doposud vytvořeným programům. Unikátnost nástroje tkví v tom, že na úrovni programu, který schvaluje vláda, jsou určeny pouze základní parametry a další tématické a technické záležitosti budou stanoveny podle aktuálních potřeb při přípravě soutěží. Díky tomu bude celý proces podpory aplikovaného výzkumu a inovací pružnější a rychlejší. Určování témat veřejných soutěží bude probíhat se zapojením relevantních resortů i regionů.

Program je navržen s dobou trvání 8 let a koncipován tak, aby umožnil moderní podporu aplikovaného výzkumu a inovací vedoucích ke vzniku nových výsledků uplatnitelných v praxi, k řešení výzev a potřeb společnosti a hospodářství a k podpoře řešení systémových opatření výzkumného a inovačního prostředí.